營運初期，航班延誤和錯過現象頻傳。

歐盟出入境系統（EES）於4月10日全面啟用，但立即在多個主要交通樞紐遭遇混亂。根據英國媒體報道，包括米蘭、阿姆斯特丹、里斯本和布魯塞爾在內的多個城市的機場都出現了長時間的排隊現象，一些乘客在系統啟用後的第一個週末甚至在邊境檢查處等待了三個多小時。根據《印度時報》報道，在米蘭，超過100名乘客因新系統導致的護照檢查排隊延誤而錯過了易捷航空飛往曼徹斯特的航班。一位旅客告訴英國獨立電視台新聞：“我們排了兩個半小時的隊伍……然後有人過來告訴我們，我們的航班已經取消了。”

乘客體驗凸顯營運摩擦

多個機場的報告顯示，旅客首次使用系統時，現場一片混亂，處理時間也不一致。旅客反映，延誤期間機場人滿為患，溝通不良。在某些情況下，由於處理瓶頸，航班起飛時只有預訂乘客的一小部分登機。根據美國媒體報道，在米蘭利納特機場，由於排隊等候導致登機不及時，一架航班最終只有不到三分之一的乘客登機。有些旅客也反映，長時間的等待讓他們感到身體疲憊，凸顯了在高客流量環境下，長時間的處理時間會造成怎樣的影響。

航空公司呼籲在過渡時期保持靈活性

航空公司強調，航班延誤很大程度上並非由其控制，而是新系統下邊境檢查流程的要求所致。根據ITV新聞報道，航空公司在聲明中指出，延誤是由於「護照檢查處等待時間過長」造成的，並敦促相關部門在系統試運行階段保持營運彈性。產業組織也警告稱，目前的實施方案可能會在旅遊高峰期帶來風險，尤其是在夏季需求激增的情況下。

生物辨識系統會增加首次入場時間

歐洲電子入境系統（EES）以數位化系統取代人工護照蓋章，該系統會記錄非歐盟旅客的生物辨識數據，包括指紋和臉部掃描。首次使用系統的旅客必須完成完整的生物辨識註冊，這個過程導致許多邊境口岸的通關時間延長。根據《泰晤士報》報道，該系統適用於申根區29個國家，旨在追蹤短期訪客並防止逾期停留。雖然預計後續訪問速度會更快，但初始註冊步驟正成為關鍵瓶頸。

各機場的基礎設施和準備情況各不相同

初步回饋顯示，歐洲各地的準備情況不盡相同，有些機場比其他機場更能應付新增的處理要求。根據英國旅遊媒體報道，在一些地區，當局已暫時調整生物辨識檢查流程，以緩解尖峰時段的擁擠。專家指出，此次全面推廣是在先前分階段測試的基礎上進行的，但正如《泰晤士報》所述，在全面部署之前就已經出現了技術問題和處理時間延長的情況。

短期幹擾，長期效率目標

歐盟委員會已將歐洲入境系統（EES）定位為更廣泛的數位化邊境戰略的基礎組成部分，旨在提升邊境安全並實現旅客流程自動化。該系統預計將逐步減少詐欺行為並簡化邊境管理，但預計初期階段可能會出現一些混亂。建議旅客在機場預留更多時間，尤其是在首次使用新系統進入申根區時。業內人士目前正密切關注系統運作情況，重點關注排隊時間、系統可靠性以及航空公司、機場和邊境管理部門之間的協調。此次推廣也是歐洲旅遊資訊和授權系統（ETIAS）的前期準備工作，ETIAS預計將於2026年稍後推出，屆時將進一步改革非歐盟旅客的入境程序。